Вся оккупированная территория России оказалась в зоне военной администрации. Основное число еврейских жертв в РСФСР были уничтожены в 1941–1942 годы подразделениями трёх айнзатцгрупп — «A», действовавшей на Северо-Западе, «B» — в центральных регионах и «D» — на Юге. Убийства начались в конце лета 1941 года и продолжались до начала 1943 года.
Российским «Бабьим Яром» стала Змиёвская балка в Ростове-на-Дону. Помимо Ростова-на-Дону, наибольшее число евреев погибли в Брянске и Минеральных Водах — более 7 тысяч человек в каждом из городов.
Одним из центров расправ над еврейским населением России стала территория Смоленской области. Гетто здесь были созданы в большинстве городов и местечек. Темпы ликвидации еврейского населения в данном регионе были несколько замедленными: гетто в Смоленске (более 2 тысяч узников) просуществовало около года.
Не менее 17 тысяч евреев были уничтожены на территории современной Брянской области. В Ставропольском крае в 89 населенных пунктах погибли более 30 тысяч евреев, преимущественно из числа тех, кто эвакуировался сюда с запада.