На оккупированной советской территории оказались более 60 миллионов беззащитных женщин, детей и стариков. Не успели или не смогли эвакуироваться примерно три миллиона евреев. Германия вела войну против СССР под лозунгом борьбы с «иудобольшевизмом». Евреев регистрировали отдельно, отмечали опознавательными знаками, налагали особую контрибуцию, переселяли в гетто, привлекали к самым тяжёлым и унизительным работам. Евреям под угрозой смерти запрещалось ходить по тротуарам, появляться в определённых кварталах, для них было ограничено или установлено неудобное время для покупок на рынке. Физическое уничтожение началось с первых же дней Великой Отечественной.
Периодическая печать и другие виды пропаганды на оккупированной территории (листовки, театральные постановки, радиопередачи, документальные фильмы) систематически информировали население об антиеврейских мероприятиях оккупационных властей, насаждали антисемитизм и расовую теорию нацистов. Так, киевское «Новое украинское слово» опубликовало антиеврейские материалы в 600 номерах (из 700 вышедших).
Активно продвигался тезис: «жидам нет места среди нас». Борьба с евреями провозглашалась как одна из важнейших задач сторонников «нового порядка». Некоторые периодические издания прямо обращались к читателям с призывом сообщать как о скрывавшихся евреях, так и об их укрывателях. Это стимулировало погромы и антиеврейские акции со стороны местных коллаборационистов, побуждало писать доносы на скрывавшихся, отказывать им в помощи.
Оккупированная территория СССР под немецким контролем была разделена на две зоны. Восточнее Днепра (включая почти всю оккупированную территорию России, значительную часть Украины и Белоруссии) действовала юрисдикция военной администрации. Остальная часть оккупированной территории управлялась гражданской администрацией под руководством Имперского министерства по делам оккупированных восточных территорий. Территория между Бугом и Днестром (так называемая Транснистрия), а также Северная Буковина были переданы румынским оккупантам.
Нацисты и их союзники осуществляли на территории СССР политику жестокого террора против всех своих реальных или потенциальных противников, независимо от их национальности. Такое количество жертв, как СССР, не понесло мирное население ни одной другой страны, втянутой во Вторую мировую войну. Из 7,4 миллионов целенаправленно уничтоженных советских мирных граждан евреи составили 35%. При этом советские евреи составили почти половину всех жертв Холокоста.
Организаторами и исполнителями Холокоста выступили специальные «эскадроны смерти» — четыре айнзатцгруппы («A», «B», «C» и «D»), насчитывавшие около 3000 солдат и офицеров, а также переводчиков, водителей, связистов, которых частично набирали из местного населения. Они же занимались выявлением и уничтожением советских и партийных активистов, подпольщиков, партизан, а также цыган. До июня 1942 года в их обязанности входили ежедневные отчеты в Главное управление имперской безопасности о ситуации на оккупированной территории СССР.